— Does this phrasing retain the “what if …?” meaning?

It might keep the “what if…” meaning. The context will tell if it is a suggestion or not.

Si tu es perdue, qu’est-ce que tu fais ?

makes:

Si tu étais perdue, qu’est-ce que tu ferais ?

Suggesting someone to get lost would better be done by dropping the passive voice:

Si tu te perdais, tu pourrais justifier ton retard !

You associate it with a suggestion because it actually is one. However, if I’m not mistaken, to keep the What.. if? you’re looking for, I would add a comma after Et si to clearly divide the statements.

Et si, en plus d’être fatiguée, étais perdue?

This, to me, sounds more like a question without removing any context from your sentence.

I would say that :

• Et si en plus d’être fatiguée, tu es perdue ? Comes with a general/theorical meaning. That could be in a discussion where someone says that she doesn’t care about being tired and someone add “And what if you are tired and lost?”. It’s not truly happening.

• Et si en plus d’être fatiguée, tu étais perdue ? Comes with an actual/hypotetical meaning. It’s for something that is happenning right now (tu es fatiguée) but with someting that is not (tu étais perdue). In this case it could be someone complaining wile walking that she is tired and someone explain that at least they are not lost (“yes you are tired but it could be worst. What if you were tired and lost?”)

Si introduit usuellement une proposition subordonnée. Exprimant une condition, son verbe est conjugué à l’imparfait de l’indicatif. Le verbe de la proposition principale se conjuguera au conditionnel.

Maintenant… quand il s’agit d’une interrogation, il n’y a pas de proposition principale.

Mais il n’y a aucune raison de changer la conjugaison du questionnement. => Et si tu étais perdue ?

Si se suffit pour exprimer une condition. C’est si qui l’exprime et non la conjugaison du verbe de la subordonnée. En ce sens l’usage d’un présent dans la subordonnée ne changera en rien la nature hypothétique de la subordonnée.

Si tu es perdue exprime donc tout aussi bien la condition. Ni plus ni moins.

La différence ? Elle se situera dans la réponse à la question.

Si le locuteur a utilisé le présent, son interlocuteur répondra… à l’indicatif, s’il a utilisé l’imparfait, l’interlocuteur répondra… au conditionnel.

On peut ainsi non pas augmenter le niveau d’hypothétique mais bien plutôt adoucir un ordre, un conseil… et plutôt que de dire :

Si tu es perdue, prends une boussole!, préférer Si tu étais perdue, tu prendrais une boussole.