Cette expression est effectivement courante, avec de nombreuses variantes: ça n’a pas de rapport, ça n’a aucun rapport, je ne vois pas le rapport, etc.

Il faut comprendre ici le nom rapport dans le sens de “relation, lien logique” entre deux éléments, par exemple comme dans:

Il y a un rapport entre la production de gaz à effet de serre et le réchauffement climatique.

On peut aussi utiliser rapport pour désigner les liens sociaux entre des personnes:

Je n’ai plus de rapports avec ma famille depuis longtemps.