A mon humble avis, la lettre est un faux destiné à tromper Octave. Ce faux est censé avoir été écrit par Armance (mais ne l’est pas) et Armance y écrit qu’elle va se marier avec Octave (ce qui n’est a priori pas son intention).

La phrase précédente indique que l’écriture d’Armance (Mlle de Zohiloff) est contrefaite. “Supposer” pourrait vouloir dire que le commandeur a assez d’éléments pour deviner les pensées les plus intimes de la jeune femme (un projet de mariage), mais dans ce cas il est plus probable que l’auteur donne les détails de la lettre qui vient d’être écrite, à savoir son contenu: on veut faire accroire certaines pensées intimes d’Armance concernant son prochain mariage avec Octave. Uniquement sur base de ma lecture du paragraphe suivant, je présume que la lettre tombe dans les mains d’Octave et que cela va accélérer leur mariage.

Pour la sous-question :

À cette heure là, il [ est supposé | doit | est censé] être en classe :

sont strictement équivalents au IIIe millénaire : l’enfant est en principe en classe, mais on ne sait pas s’il y est effectivement, il y a une incertitude.

C’est la réponse que fera un parent si on lui demande où est sont enfant, mais cette réponse laisse percer un doute : l’enfant peut ne pas être en classe pour un motif légitime (maître absent par exemple) ou non.

C’est la même réponse que fera son camarade avec qui il fait l’école buissonnière, et là, il a tromperie.

Stendhal fait une mise en scène : le fait de lever l’incertitude, de révéler la manipulation engage la tromperie ; sinon il y aurait suspense, dans notre exemple on peut se rendre à l’école et trouver l’élève… ou pas.

Ce qui est impliqué ne dépend pas du mot employé mais de sa mise en perspective.