The idiomatic phrasing is:

Comment se fait-il que … ?

For some reason the clause is usually in the subjunctive mood. In this case:

Comment se fait-il que je sois arrivé avant toi ?

It could however be in the indicative, I suppose, when the fact is more important than the reason.

Comment se fait-il que ces poules ont des dents ?

« D’où vient que » était courant autrefois, au moins en français écrit (donc cultivé), mais est désuet. On utilise plutôt « comment se fait-il que » ou tout simplement « pourquoi » lorsqu’il s’agit de poser une question, ou « d’où » ou « c’est pourquoi » au style indirect.