Être is meant to be precise, where faire indicates roughly the amount.

Ca va faire la quizième fois que je me réveille cette nuit

Means the person woke up once, then once again, then again, they counted and it adds up to about 15 times. It’s often an estimation as it’s used when the number is large enough for you to lose track, or when you just couldn’t keep track.

In your second example, 2 a bit small though, personally I’d start using fait after a few more times. It’s not wrong but être would be better here.

The last example illustrates that perfectly : the je ne sais combien means you have lost track of how many times.

Note that the word faire is used as the "=" for sums :

Deux plus deux, ça fait quatre

Deux et deux font quatre

(Two plus two is four, if I’m not mistaken)

The first example is something different completely. The fact that faire can also be substituted with être is a coincidence. It’s a relatively isolated, you should be fine by learning just that phrase (If you find a counter-example feel free to edit and I’ll edit my answer).

1er exemple

Vous faites = Vous avez l’air de, vous ressemblez à (avec une certaine
ironie).

2ème exemple

On dit plus simplement:

Cela fait deux fois, trois fois.

totalement équivalent à:

C’est la deuxième fois, la troisième fois, …

Cela fait est suivi d’un COD, et peut être suivi de beaucoup d’expressions, de temps, d’occurence = 3ème exemple.

Cela fait plein de fois, cela fait trop de fois, cela fait 3 ans, cela
fait des années, cela fait une éternité.