Le Larousse est très clair sur l’emploi :

• Au masculin : Bref exposé écrit d’un sujet de film, constituant l’ébauche d’un scénario.
• Au féminin : Bref aperçu sur l’ensemble d’une science, d’un objet d’enseignement.
  Tableau synoptique embrassant toutes les parties d’une science.

La seule différence entre le TLFi et le Larousse est que le Larousse précise qu’autrefois le mot dans le sens de “résumé” était féminin alors que le TLFi dit que l’on peut encore le trouver dans un genre ou dans l’autre.

Il n’y a pas d’incohérence aujourd’hui. Pour le Larousse il s’agit de deux mots homographes dont le genre précisera le sens.

Synopsis est le plus souvent employé aujourd’hui pour désigner le résumé d’un film.

Les autres usages sont beaucoup moins fréquents. Le féminin se perd au point de risquer parfois d’être pris pour une faute.