Il n’y a pas de problème à cet emploi en début de phrase mais il est plus habituel de lier l’adverbe modificateur sans ambiguïté à « étonnamment » en le plaçant avant et sans virgule.

• Peut-être étonnamment, Matlab donne une solution à ce système surdéterminé.

Cet ngram montre l’ordre préféré, sans virgule, pour la combinaison « peut-être trop rapidemment » : ngram.

Le rythme de cette phrase, étonnamment puis peut-être, suggère que ce n’est pas si étonnant que ça. Les systèmes linéaires avec plus d’équations que d’inconnues (les systèmes surdéterminés) ont toujours une solution au sens des moindres carrés, même si en général pas de solutions au sens classique !

L’ordre des mots ici est important pour respecter cette nuance dans la traduction. Ce comportement de Matlab n’est pas étonnant pour un spécialiste.