C’est bien une différence étymologique, comme souvent lorsqu’il s’agit d’orthographe française.

Les noms en -at proviennent en général d’une finale latine -atum, la finale du supin des verbes latins du premier groupe. Ainsi attentat de attentare, -atum (variante attemptare qu’on reconnaît en anglais dans un sens différent), habitat de habitare (via le nom habitatus en latin médiéval), résultat de resultare, etc.

La finale est suffisamment fréquente (et reconnaissable) pour que le suffixe -at soit productif de lui-même. Par exemple consultat semble avoir été formé sur consulter sans parenté directe avec le latin consultatum (qui se trouve exister), et on a sans parenté latine califat, rectorat, etc. C’est un suffixe de substantivation qui a un large éventail de sens. Il qualifie en général l’appartenance d’une personne à une catégorie telle qu’une profession, ou la catégorie en elle-même. Il y a un autre type de sens, plus rare, qui concerne le résultat d’une action (crachat, assignat, …).

Les noms en -a sont ici des dérivations savantes d’un mot latin en -a (neutre pluriel). Par exemple, éjecta provient de ejectus (un adjectif, via son neutre pluriel). Et excreta vient de excretus, participe passé de excernere. Cette finale correspond exclusivement à des dérivations savantes (les dérivations populaires donnent une finale -e), rares en elle-même (peu de mots sont importés au pluriel), ce qui explique qu’elle ne soit pas productive.

Enfin il peut toujours y avoir des coïncidences, comme apostat qui vient du grec ἀποστάτης (encore que je crois que la finale a un lien de parenté).