Les pronoms relatifs « qui » et « que » ou la conjonction « que » ne déterminent pas le temps à utiliser.

1/ L’action d’utiliser un moyen de transport n’est pas appelée « répétitive » mais « habituelle ».
2/ En français on ne dit pas « prendre un transport » mais « utiliser un moyen de transport ». S’il s’agit de transport public on peut dire « prendre un transport en commun » (très courant); « transport collectif » est un terme qui englobe le transport en commun et que l’on confond parfois avec celui-ci ; on ne dit pas « prendre un transport collectif » (ngram). Dans le cas de la question il s’agit de transport en commun et de transport public (très probablement). Voir l’encyclopédie en ligne pour des détails intéressants à ce sujet.
3/ Dans le cas d’un avantage matériel basique, comme dans ce cas un avantage monétaire, « bénéfique » ne convient pas bien ; un adjectif comme « avantageux » est beaucoup mieux.
4/ L’action de rendre le transport collectif gratuit n’est pas avantageuse pour qui que ce soit, ce qui peut être avantageux c’est le résultat, c’est à dire le transport collectif gratuit.

Si cette action se situe dans le passé on doit parler de ce qui s’y rapporte au passé si cela a une incidence dans le passé, même si cela reste vrai au moment ou on parle ; comme l’imparfait est bien utilisé pour une action habituelle dans le passé la phrase donne ceci ;

• Le transport collectif gratuit était très avantageux, surtout pour les étudiants qui utilisaient un moyen de transport quotidiennement.

Les conditions matérielles sont directement connectées à la caractéristique d’être avantageux et l’avantage était évidemment une réalité dans le passé, donc on utilise l’imparfait.

Évidemment il y a un autre contexte, celui dans lequel l’action habituelle a une conséquence dans le présent et alors on utilise le présent.

• Avoir réduit les activités sportives a pour conséquence de meilleurs résultats scolaires chez les étudiants qui pratiquaient celle de leur choix régulièrement.

On n’utilise pas le présent pour des actions habituelles dans le passé ; on l’utilise seulement pour des actions habituelles dans un passé plus ou moins récent et qui se prolongent dans le futur ou tout au moins dont on pense qu’elles doivent se prolonger ;

• Il part pour l’école régulièrement tous les matins à six heures quinze.

Si on utilise le subjonctif c’est que l’action n’est pas réalisée ; cependant on l’utilise pour exprimer une action habituelle dans le futur, dans le présent et dans le passé ;

• Il fallait qu’il aille prendre le train tous les matin et il a préféré acheter une voiture.

• Il est nécessaire qu’il fasse un peu d’exercice tous les matins, sa santé en dépend.

• Il faudra qu’il se présente à la gendarmerie tous les jours, c’est la condition de sa mise en liberté provisoire.