Je pense que les mots comme immangeable, immettable et les autres exception sont des mots qui sont apparus bien plus tard.

Immobile et immatériel viennent directement du latin tels quels (on a pas rajouté de préfixe aux mots latins), alors que immangeable, immettable et autres sont bien plus récents. (Voir aussi immanquable)

Ces derniers ont été créés sur la base de tous les autres “in- + [verbe] + -able“, et dans ces cas-là le préfixe se prononce toujours [ɛ̃].

D’ailleurs j’ai l’impression qu’on a ce phénomène uniquement avec les mots en -able, en attestent des mots comme immoral et immature, qui pourtant ne viennent pas directement du latin.

Il existe une règle qui interdit d’employer la lettre n avant la lettre m ou la lettre p. Dans ce cas on remplace la lettre n par la lettre m à l’écrit mais on garde la prononciation comme s’il y avait encore la lettre n.

Par exemple on écrit impossible, bien que cela signifie in + possible, et cela se prononce comme in + possible.

Ce n’est pas spécifique au préfixe in. Par exemple on écrit emménager mais cela se prononce comme en + ménager, on écrit empire mais on le prononce comme en + pire, etc.

Les mots immense, immobile et immature ont été empruntés au latin et leur prononciation et dérivée du latin. Je dirais que ce sont eux les exceptions. (pour info immangeable n’est pas dérivé du latin)