Parce qu’il s’agit en fait de minutes :

deux heures quarante-et-une [minutes]

Les deux s’entendent mais le féminin, où « une » s’accorde avec « minutes » qui est sous-entendu mais jamais prononcé, est la forme habituelle et considérée comme correcte.

Je n’ai jamais entendu personne dire « minuit moins un », en revanche, dans un compte à rebours, il n’y a jamais d’accord avec seconde, pourtant aussi féminin :

cinq, quatre, trois, deux, un, zéro.

Voici quelques (rares) exemples trouvés où l’accord n’est pas fait:

L’affichage luminescent indiquait une heure quarante-et-un. Il est un autre temps Dominique Durand.

Il est neuf heure quarante-et-un

Dix-huit heures quarante-et-un

L’absence d’accord peut se justifier, comme dans l’exemple du compte à rebours, quand les minutes sont lues comme un nombre sans unité. Le nombre quarante-et-une n’existe pas, un ne s’accordant que lorsqu’il est utilisé comme déterminant.