“Beignet à la pomme” n’est pas une erreur, il peut fort bien se dire également, mais on l’entend plus rarement. Il y a une raison à cela:

Quand tu utilises “Beignet à la pomme”, tu insistes sur la saveur pomme (= beignet goût pomme), alors que “Beignet aux pommes” dit simplement beignet fait avec des pommes (plusieurs). Comme on dirait: chewing gum à la pomme (goût pomme), et non chewing gum aux pommes, qui n’aurait pas de sens.

Dans “beignet au chocolat”, il n’y a pas plusieurs chocolats, c’est une quantité indéterminé de chocolat, c’est pour ça qu’on dit “manger du chocolat” (on ne parle pas des boîtes de chocolats de Noël, qui sont un autre cas).

“Beignet aux bananes” fait bizarre, alors qu’il devrait se dire. On entend toujours “beignet à la banane”, comme si le goût de la banane l’emportait sur le nombre effectif de bananes utilisées dans la recette. C’est sans doute une habitude de langage, je ne vois pas d’autre explication logique.