Source : Dictionnaire historique de la langue française (sld Alain Rey).

« Haricot » au sens argotique désigne l’orteil (apparu fin du 19è siècle) et par synecdoque le pied. D’où courir sur le haricot/le pied.

À noter aussi les expressions peler le haricot et taper sur le haricot employées aussi pour signifier ennuyer, importuner. Alain Rey signale que :

« haricot » a pu signifier « testicule » comme l’atteste haricocèle
nom masculin, « testicule atrophié », 1907.

Extrait dut reverso définition française :

D’un côté, nous avons le verbe ‘courir’ (quelqu’un) qui, dans cet emploi populaire et transitif, signifie déjà tout seul ‘importuner’ dès le XVIe siècle.
D’un autre, nous avons le verbe ‘haricoter’ qui, au début du XIXe, signifie soit “être mesquin en affaires”, soit “marchander sur des riens” (ce qui exaspère, forcément), ou bien encore “importuner”.

Le clitoris est aussi nommé haricot en argot (une recherche sur ces deux mots fournira toutes les précisions désirées), il n’est donc pas difficile de comprendre l’énervement que procure une stimulation non désirée.