Correct et soutenu :

Pourquoi Marie est-elle en colère ?

Incorrect (ne jamais l’employer) :

Pourquoi est-Marie en colère ?

Correct, surtout à l’oral :

Pourquoi Marie est en colère ?

You can only make an inverted pair (like est-il) with a pronoun. That said, you can use such a device as a prop in a question involving nouns or proper nouns (like in your first sentence).