Le Grand Robert historique indique (art. « accorder ») : Le déverbal accord possède deux valeurs dominantes. La première est liée au premier sens du verbe, « pacte » et « conformité de sentiments, d’opinions » […] d’où être en accord et être, mettre d’accord (1538), qui a donné naissance à l’expression elliptique très usuelle d’accord (XVIIe s.). »

Pas d’autre explication, mais cela m’évoque une hypothèse.

Ne serait-ce pas que l’usage d’un verbe d’action (mettre) dans la forme mettre d’accord a concurrencé la forme avec verbe d’état (être) dans la forme être en accord ? L’action d’accorder impliquant une norme à laquelle calquer deux choses (comme, argotiquement, on met d’équerre – ou de niveau) plutôt qu’une harmonie dans laquelle ces choses se trouvent déjà, comme dans la forme avec verbe d’état (où sens où l’on est dans un état).