Je vais tâcher de répondre à ta question, mais garde à l’esprit que tu cites des ouvrages très vieux, et que les onomatopées ne sont pas fixés, bien au contraire. Ce n’est pas une science exacte.

• Pour les huées je pense que “bouh” est le terme actuel, on doit aussi pouvoir trouver “ouh”
• On a pas besoin de marquer une différence, on écrit souvent l’onomatopée comme on pense qu’il représente le mieux le son (maintenant comme au 18e siecle), et le contexte fait le reste. Pour surprendre le plus courant est “bouh”, pour le loup on retrouve parfois “aouuuh”.
• La chouette fait “hou” ou bien “hou-hou”
• Le bruit du fantôme est “ouh” (souvent allongé, “ouuuh”), mais je ne saurais te dire pourquoi. Je ne pense pas que les auteurs du 13e siècle écrivaient l’onomatopée des fantômes.

Concernant les orthographes du 13e siècle, comment dire…. Tu n’auras jamais à les écrire comme ça, et tant que tu les comprends quand tu les lis tu n’a pas besoin de les connaître à l’avance. Je te conseille également d’éviter de les utiliser à l’écrit dans un contexte sérieux, dans le cas contraire écris-les comme bon te semble !