Je pense que les deux emplois ici ont le même sens, sans nuance suivant qu’il s’agit du corbeau ou du renard. Cette appellation a aussi un aspect agrandissant (qui peut être ironique suivant le contexte): il ne s’agit pas de n’importe quel corbeau ou renard, mais d’un corbeau et d’un renard qui représentent parfaitement leur espèce respective, dans toutes ses spécificités: l’exemple même du corbeau et du renard, le corbeau et le renard par excellence, ce qui va faciliter la portée générale de la morale de la fable. Ni Ésope, ni Phèdre ne semblent avoir recours à une telle appellation. Je pense que le terme monsieur pourrait remplacer maître, si on voulait vraiment remplacer maître. Mais maître s’utilise encore de nos jours dans certains cas, par exemple pour s’addresser à un avocat ou un notaire.

Maître + prénom/nom d’animal n’est pas courant. Je ne pense pas qu’il n’y ait jamais eu un sous-entendu de sottise ou de stupidité dans la fable de La Fontaine, ni de subalterne.

Une appellation serait plutôt un titre, cf. exemple de l’avocat et du notaire ci-dessus.

Le maître Pierre de la classe moyenne n’est ni un agriculteur propriétaire, car son métier n’est pas forcément l’agriculture, et il n’est pas riche comme un propriétaire, ni maître Jacques, car je soupçonne Molière d’ironie, qui n’est pas forcément présente dans maître Pierre.