I think, as stated in the comments, that all three sentences are correct.

However, I want to propose less direct translations, if you only want a general meaning:

• Tu ne te sens pas mal à l’aise avec ton chef toujours sur ton dos ?
• Ça ne te dérange pas d’avoir ton chef qui te tient à l’œil ?

Afin de vérifier si elles sont correctes vous pouvez les inverser comme suit :

Tu ne te sens pas mal à l’aise avec ton chef surveillant tous tes faits et gestes ?

Tu ne te sens pas mal à l’aise, ton chef surveillant tous tes faits et gestes ?

Tu ne te sens pas mal à l’aise avec ton chef qui surveille tous tes faits et gestes ?

La seconde reste compréhensible mais n’est vraiment pas commune, la première avec l’utilisation du participe présent est parfaitement correcte dans un contexte écrit et/ou soutenu.

La troisième est véritablement la plus commune, tout du moins en langage parlé.

Les propositions faites dans la réponse de @SdaliM en terme de différentes traductions sont également très acceptables, aussi bien à l’écrit qu’à l’oral.

Personnellement j’aurais utilisé "en train de".

Ne te sens tu pas mal à l’aise avec ton chef en train de surveiller tout tes faits et gestes ?

Avec ton chef en train de surveiller tout tes faits et gestes, ne te sens tu pas mal à l’aise ?

Tu ne te sens pas mal à l’aise avec ton chef qui est en train de surveiller tous tes faits et gestes ?

Je pense que l’usage de "en train de" est faisable ici car il désigne l’action du chef à l’instant où le sujet travaille, et non pas l’instant où on pose la question.

D’autre part la formulation "Tu ne te sens pas mal à l’aise ?" ne me semble pas correcte car il s’agit d’une question, la formulation suivante me paraît plus correcte d’un point de vue grammatical :

Ne te sens tu pas mal à l’aise ?