« D’aucuns » doit être considéré ici comme une entité unique, un pronom indépendant, et non comme la préposition « de » suivie de « aucun ». Ce n’est donc pas « aucuns » qui signifie « certains » mais « d’aucuns » et il n’y a pas de contrainte de syntaxe non respectée ici.

Cette phrase peut être reformulée de façon moins littéraire comme ceci:

La langue dispose d’outils dont certains ignorent souvent non seulement la fonction mais aussi même jusqu’à l’existence…

Utiliser « aucuns » seul rendrait la phrase inintelligible:

La langue dispose d’outils dont aucuns ignorent souvent…

L’antécédent de « dont » est « outils » :

Certains ignorent la fonction voire l’existence de ces outils.