D’après le Ngram, il semble que « couper la pomme en deux » soit très peu utilisé.

« Couper la poire en deux » restera donc l’expression à privilégier.

Le seul indice que j’ai trouvé d’une équivalence qui pourrait expliquer la substitution n’a rien à voir avec l’expression, ce serait dans le langage populaire comme substitut nominal au pronom personnel avec le possessif dans un contexte de suppléance qui n’est ni relié à l’économie linguistique ni au terme précédemment exprimé, et où pomme et poire, d’après le sens de « figure », sont tous les deux employés, entre autres (LBU §221 c 1) et incidemment le DHLF nous rappelle à « poire » que la métaphore du fruit pour « tête » est banale et indique « […] pomme, fraise, citron etc. » :

Ces tapins-là, c’est pas pour ma poire. (Aymé)
Ma tante est
drôlement mieux que vott’ pomme. (Queneau)

Par ailleurs le texte du Journal de Montréal s’intitule « Avant de couper la pomme en deux, il faut la distinguer de l’orange », ce qui réfère clairement à l’adage de langue anglaise apples and oranges et donc il s’agit d’un jeu de mots banal ; on aurait probablement dû parler du choux, vu que la carotte se coupe difficilement en deux symétriquement, mais on a dû penser que les lecteurs comprendraient mieux la référence en contexte nord-américain. Si au moins la fermeté du fruit conditionnait le choix c’eût été excellent pour introduire une nuance de difficulté d’en arriver au compromis (la chair de la pomme étant plus ferme que celle la poire, il me semble) ; c’est pure spéculation et on ne pense pas que les choix s’appuient sur ce genre de réflexion.

En résumé à défaut de trouver plus d’informations (entre autres parce qu’au corpus écrit il y a possiblement un seuil à partir duquel un ngram montre des résultats et que le DHLF ne s’aventure même pas à traiter de l’expression) on est d’opinion qu’en langage populaire certains fruits sont plus ou moins interchangeables et que ça peut avoir un impact sur leur emploi dans ce genre d’expression, en particulier vu qu’on trouve que c’est surtout l’idée de couper, trancher symétriquement en deux et donner la chose qui porte l’expression davantage que l’objet lui-même considérant qu’au final il n’a rien à voir avec le sens de faire un compromis.