I think “salut” is over-friendly. Perhaps could be used when you meet them more often and after you chat up at least a couple of times and regularly thereafter. Or if you intend to meet up again later on (same day).
No strings attached with “Bonjour” though

“Bonjour” est exactement ce qu’il faut dire. Il est toujours acceptable et n’est jamais distant. “Salut” ne pourrait être éventuellement utilisé qu’avec des coureurs avec qui vous avez déjà noué connaissance et êtes suffisamment familiers (ou entre enfants/ados).

A vrai dire, cela dépend du ton employé. En disant Bonjour, il n’y a pas de risque de passer pour quelqu’un d’un peu trop amical, ce qui dans le cas d’un coureur que l’on connait pas est tout à fait adéquat. On peut par cependant paraître un peu distant.

Dire Salut avec un ton sympathique peut également être utilisé dans ce cas. Cela montre une certaine sympathie envers une personne qui possède la même passion pour la course à pied. C’est plus personnel et cela pourrait améliorer l’ambiance et rapprocher un groupe de coureurs.