Je n’ai pas de preuve à l’appui mais j’ai toujours vu les indexations comme si l’accent n’y était pas (par exemple dans le dictionnaire juste à côté de moi, c’est le cas).

D’après l’article du classement alphabétique sur Wikipédia :

Si plusieurs mots ont le même rang alphabétique, on tâche de les distinguer entre eux grâce aux majuscules et aux accents. Exemple: légitime, légitimé, légitimes, légitimés.

Il semble que le mot avec un accent soit classé après celui sans accent.

Le tri se fait comme suit:

• une passe en ignorant les différences entre majuscules et minuscules et les signes diacritiques et les caractères autres que les lettres;

• les égalités sont résolues en tenant compte des signes diacritiques, la lettre non accentuée venant en particulier toujours en premier; c’est la dernière lettre ayant une différence qui est la plus significative (donc cote, côte, coté, côté);

• les égalités sont résolues en tenant compte de la différence de casse (les majuscules suivent les minuscules), dans l’ordre normal;

• les égalités sont résolues en distinguant æ de ae et œ de oe (aux étapes précédentes, ils sont classés identiquement);

• les égalités sont résolues en tenant compte des autres caractères (signes de ponctuation);

• les égalités restantes sont résolues de manière arbitraire.

Voir ce document. Il est sorti une norme ISO (14651) de ce travail d’analyse de ce que faisait les différents dictionnaires.