J’écrirais soit :

La structure (du schéma de données et du code) a été modifiée.

soit :

Les structures du schéma de données et du code ont été modifiées.

Dans le premier cas, on considère qu’il n’y a qu’une structure, ou du moins que les deux structures peuvent être confondues tandis que dans le deuxième cas, il n’y a pas de lien entre les structures modifiées. Le sujet dois alors être au pluriel puisqu’il n’est pas répété.

Suite aux commentaires, quelques variantes :

La structure du schéma de données et la structure du code ont été modifiées.

La structure du schéma de données et celle du code ont été modifiées.

La structure du schéma de données comme celle du code ont été modifiées.¹

La structure du schéma de données, comme celle du code, a été modifiée.²

¹_{comme introduit une addition : ainsi que}

²_{comme introduit une comparaison : de la même manière que}