Dans aucun des exemples, je ne vois de COD placé avant le participe passé, donc je ne vois aucun exception à la règle à expliquer. Ça ne fait que confirmer les doutes déjà exprimés sur la qualité de la grammaire que tu cites.

Les deux heures que j’ai couru.

Il s’agit de complément de durée, pas d’objet direct.

C’est environ 330 millions francs que Cicéron aurait prétendu employer en achat des terres.

Le COD est “employer 330 millions [de manquant à la copie ou tour tombé en désuétude?] francs en achat de terres”.

les cent kilos que j’ai pesé

Le cas le plus difficile. S’il s’agit de mon poids, je ne vois pas de COD mais un type grammatical que j’ai du mal à identifier (j’aurais dit que c’est un attribut mais le TLFi parle de complément d’objet interne qui est une terminologie qui ne m’est pas familière). S’il s’agit d’autre chose, j’aurais accordé (Je croyais avoir déjà vu de l’or dans ma vie, mais les cents kilos que j’ai pesés hier dépassent en une fois tout ce que j’avais vu combiné.

Les exemples que tu cites répondent à la règle générale de l’accord du participe passé avec avoir, à savoir que :

Le participe passé employé avec avoir s’accorde avec son complément d’objet direct (c.o.d.) placé avant et reste invariable s’il n’y a pas de c.o.d. ou si ce c.o.d. est placé après.

Les dangers que j’ai courus.

→ Ici le verbe courir est transitif, il a un c.o.d. : « dangers ».

Les deux heures que j’ai couru.

→ Ici le verbe courir est intransitif, « deux heures » n’est pas c.o.d. mais il est considéré comme un ensemble continu indivisible, complément circonstanciel (de temps).

Il en irait de même avec :

Les dix kilomètres que j’ai couru.

→ « dix kilomètres » n’est pas c.o.d. mais un tout indivisible complément circonstanciel (de distance).

L’analyse est la même avec :

Les paquets que j’ai pesés.

→ Accord du participe passé avec le c.o.d. « paquets ».

Les cent kilos que j’ai pesé.

→ Pas d’accord, puisque pas de c.o.d. avant le verbe.

D’autres exemples où la même règle s’applique :

Les efforts que ce travail m’a coûtés.

→ « Efforts » est c.o.d. placé avant le verbe.

Les dix mille euros que cette voiture m’a coûté.

→ Pas de c.o.d. avant le verbe mais un complément circonstanciel, somme considérée comme un ensemble continu.

Je cite Grevisse (édition 1975) :

Participe passé de certains verbes intransitifs :
Certains verbes intransitifs : coûter, valoir, peser, mesurer, marcher, courir, vivre, dormir, régner, durer, reposer, peuvent être accompagnés d’un complément circonstanciel de prix, de valeur, de poids, de durée, de distance, et., qu’il faut se garder de prendre pour un objet direct : le participe passé de ces verbes est invariable.

Par ailleurs je voudrais redire quelque chose que j’ai déjà dit sur ce forum.
Les règles d’accord du participe passé en français, et surtout du participe passé avec avoir, sont tout à fait artificielles et ne répondent à aucune logique grammaticale. Ces règles qui n’existaient pas en ancien français ont été introduites entre les XV^è et le XIX^è siècles. (Pour moi citer un exemple du XIX^è siècle (Champagny) n’a pas vraiment de valeur de témoignage).
Et voir ce que je te disais déjà ici à propos de l’accord du participe passé.