In the examples you gave, the first one is correct but can sound strange in French. We usually say “Tu y es allé?” or “tu as déjà été à Venise”?

The difference between “j’ai été” and “je suis allé” is tricky. I wrote an article about that if you want to know more about this rule.

“tu as déjà été à Venise”? signifie es-tu déjà allé à Venise, puisqu’il s’agit d’une question. Et dans ce cas, les deux se disent.
Sans point d’interrogation, il s’agirait d’une affirmation et on ne pourrait pas dire: ”As-tu déjà été à Venise”. Puisque, en Français la forme interrogative nécessite que l’on inverse le sujet et le verbe.
Pour valider la phrase: ”Tu y es allé ! ” il faut d’abord avoir ”situé” le lieu de l’action ( en l’occurrence, aller) ! Le ”Y” évite de faire une répétion comme : Tu connais Paris ? J’y suis déjà allé !