La préposition de indique la provenance, il faut comprendre « Au Vieux Lyon il y en a qui sont originaires de partout (qui viennent de partout) ».

On pourrait, bien sûr avoir « il y en a partout », mais le sens serait différent, ça voudrait dire qu’il y a beaucoup de touristes, qu’ils sont partout.

The sentence is:

Il n’y a pas de touristes à Croix-Rousse. Dans le Vieux Lyon, il y en a de partout mais ici à Croix-Rousse non.

Given the context, de partout likely means “everywhere, all over the place” in a colloquial French syntax, not “from everywhere”.

cf. TLFi:

− Pop. De partout. De tous les côtés à la fois. J’étais plus mince sans corset qu’elle avec le sien qui craquait de partout (Barb. d’Aurev., Mémor. 1, 1837, p.155).Ça sonne de partout et on entend tout ça de là-haut (Giono, Gd troupeau, 1931, p.61).