Il a fallu que tu t’en aies mêlé. n’est pas correct. S’il est exact que de nos jours, le passé composé n’appelle plus l’imparfait du subjonctif dans la langue générale, le seul temps correct ici est le présent du subjonctif, et non le passé.

Quant à savoir pourquoi ces verbe sont si présents aux examens… eh bien il faut regarder du côté de la sociolinguistique. La maîtrise du passé simple et tout particulièrement de l’imparfait du subjonctif, formes hautement conservatrices (et irrégulières!), sont de nos jours plus un marqueur d’éducation, un Schibboleth qu’une notion nécessaire ou même utile à la compréhension du français. Du français contemporain, du moins: il n’y a pas si longtemps encore passé simple et passé composé avait des usages distincts, mais cette différence est de nos jour pratiquement impossible à percevoir pour la plupart des locuteurs.

La phrase

Il a fallu que tu t’en aies mêlé

est en premier lieu incorrecte car l’auxiliaire choisi n’est pas le bon. Le verbe mêler étant employé de manière pronominale réfléchie, l’auxiliaire être aurait du être utilisé :

Il a fallu que tu t’en sois mêlé.

Cette phrase reste cependant problématique car il n’y a pas d’antériorité de la subordonnée sur la principale. C’est donc bien le présent du subjonctif qui est attendu :

Il a fallu que tu t’en mêles

Le passé du subjonctif peut être utilisé dans une phrase où la subordonnée précède dans le temps la principale :

J’ai regretté que tu t’en sois mêlé

Pour ce qui est de la pertinence de la présence de l’imparfait du subjonctif dans les questions du Certificat Voltaire, Circeus a déjà donné une bonne explication.