Une pensée pour ceux que j’ai très rarement pris l’occasion de remercier

Is enough. “Dont” is used only if “ceux” is not who is “remercié”, for example in:

Une pensée pour ceux dont j’ai très rarement pris l’occasion de remercier la contribution à ce projet.

As here you thanks their contribution and not the people.

Note by the way that I removed the “n'” as there is no negation here : you actually thanks them, just not enough. If you want to add the idea that your thanks were not enough, use “trop” instead of “très”:

Une pensée pour ceux que j’ai trop rarement pris l’occasion de remercier

The use of dont is not correct here. Dont is the genitive case of the subordinate conjunction.
With the correct case, your sentence becomes :

Une pensée pour ceux que je n’ai que très rarement pris l’occasion
de remercier

This sentence is correct, but might be a bit disturbing to hear (because of the que redundancy). If you want something more pleasant to hear, you have different options :

I think Anne Aunyme’s sentence is the best :

Une pensée pour ceux que j’ai trop rarement pris l’occasion de remercier

Another possible sentence :

Une pensée pour ceux que je n’ai pas suffisamment remerciés

Bonus :

If you want to use dont :

Une pensée pour ceux dont le mérite n’a pas été suffisamment reconnu.