You are right questioning the sentence. The set expression être (toujours) à l’étude means "to be (still) under scrutiny" so I would expect too par or à here:

Votre dossier est toujours à l’étude par (les services de) la faculté, i.e. is still being evaluated by the faculty competent department.

Votre dossier est toujours à l’étude à la faculté, i.e. is still being evaluated in the faculty.

On the other hand, the sentence you got can be understood as:

Votre dossier est toujours à l’étude de la faculté.

might mean the unlikely :

Your documents are still located in "the study hall of the faculty".

Where étude describes a location:

TLFi

III.− Lieu où s’exerce une activité studieuse, un effort de l’esprit.
A.− Salle de travail où les élèves font leurs devoirs ou apprennent leurs leçons en dehors des heures de classe.

I’m ruling out too the possibility for étude to mean:

B.− Locaux où travaille un officier public ou ministériel, avec ses clercs. C’est dans l’étude d’un avoué qu’il faut apprendre la véritable langue de notre barreau (Jouy, Hermite,t. 1, 1811, p. 97)

because this acception nowadays essentially applies to notaires and huissiers de justice, none of whom are expected to have an office in a university.

It could mean your documents are still in the office of the university. Etude tends to be a legal office, but I don’t think it’s entirely impossible a university would use that word. Especially if there was a legal dimension to your documents?

La phrase mentionnée est trop ambigüe pour qu’on puisse la comprendre avec certitude.

La phrase pourrait potentiellement s’interpréter comme « votre dossier est toujours soumis à l’étude de la faculté » pour indiquer que l’étape d’un processus n’est pas terminée.