C’est la faculté qui contient le département, non pas le contraire me semble-t-il.
Du coup, on dirait plutôt quelque chose comme « Faculté des sciences, département informatique et automatisation »…

Après réexamen de la question suite aux autres réponses :
Une recherche google sur l’étrange expression faculté d’automatique renvoie une énorme proportion de résultats liés à des étudiants roumains, et je vois que toi aussi, Liviu, tu es roumain. Est-ce un cursus spécifique de l’école polytechnique de Bucarest? Du coup, pourquoi ne pas s’inspirer de ceci et opter pour Faculté d’automatique et d’informatique (Automatică si Calculatoare) ?

Je traduirais Computer Science Department par département d’informatique, ou si on veut insister sur science, par département de recherche en informatique.

Pour Faculty of Automatic Control and Computers, je traduirais par faculté d’automatique et d’informatique. En France, une qualification habituelle mais qui couvre plus de domaines, est sciences pour l’ingénieur.

Ça pourrait donner quelque chose comme: faculté de sciences pour l’ingénieur, département d’informatique.

Je propose

Faculté d’automatique et d’informatique, département informatique.

(J’ai traduit les deux Computers et Computer science par informatique.)

There exists a National Institute for Computer Science and Control translated with Institut national de recherche en informatique et automatique.

Computer science translates as informatique (see IATE).

Hence a possible translation: “Faculté de recherche en informatique et automatique, département d’informatique”.

Je propose:

Faculté d’automatique et d’informatique, département des Sciences de l’informatique.