Oui « s’il vous plait merci » sans interruption entre les deux formules de politesse risque fort d’être interprété comme trop direct.

Je recommanderais :

[ S’il vous plait, ] si vous videz la cafetière, merci d’en préparer une nouvelle !

Je dirais que ça dépend du contexte et sans doute effectivement de la ponctuation, mais que les deux sont courants.

Dans votre exemple c’est effectivement un reproche évident. Dans un autre cas ce pourrait être un merci de politesse :

Mesdames, Messieurs, veuillez rejoindre vos sièges s’il-vous-plaît, merci.

Dans les deux cas, j’interprète plus facilement le “merci” comme “merci d’avance” que comme “merci de m’avoir écouté”.