Ici, seul est un adjectif à valeur adverbiale, toutefois il fait exception à la règle d’invariabilité des adverbes.
La bonne orthographe est donc :

seuls 2 % sont affectés.

Le fait que “seuls” soit suivi d’un pourcentage n’y change rien. On écrirait de même :

Seuls sont affectés… Seuls les adultes sont… Seule une femme peut…

Cf. http://akilic.free.fr/concours/grammaire.pdf p28, je cite :

[Les adverbes] sont invariables sauf […] l’adjectif à valeur adverbiale seul(e) antéposé au sujet comme marqueur argumentatif d’exclusivité (Seule la France a autant de vins différents)

Je suis entièrement d’accord avec la réponse de @user16924, parfaitement juste.
Je veux juste ajouter que même pour un francophone natif la règle laisse toujours planer un vague parfum de doute, parce qu’un peu contre-intuitive.

C’est pourquoi je suggère de contourner le problème en employant plutôt “seulement” :

Puis à partir de 60 ans, seulement 2 % sont affectés.