L’expression “Qu’est-ce que”, dans tous ces contextes-là, a le sens de “pourquoi” mais indique surtout la surprise et l’irritation du locuteur, ou la consternation.

Pour ce qui est des raisons de ce glissement, je passerai à la spéculation : je le perçois comme la frustration du locuteur menant à un empêtrement de la parole et, du coup, à un usage à contre-emploi de “qu’est-ce que” au lieu de “pourquoi” ; ou alors, à une abréviation de formulations comme “Qu’est-ce que tu fais à rester là ?” en “Qu’est-ce que tu restes là ?”

On retrouve le même genre de formation avec “d’où”, qui est utilisé dans le même genre de situation (par exemple, “d’où, tu mets des chemises à fleurs à quatre-vingts ans ?” — pour “d’où”, c’est souvent suivi d’une pause dans le cas de cet usage donc je le transcris suivi d’une virgule, mais ce n’est pas le cas pour “qu’est-ce que” dans les exemples mentionnés dans la question).

Cet usage de “qu’est-ce que” et de “d’où” est de registre familier, voire pourrait être perçu par certains comme une faute.

Although I wasn’t familiar with these two contexts using “qu’est-ce que” to form pseudo-questions (with actual question marks) of the abusive variety (as distinguished from rhetorical ones), I would agree that the tone of all of your examples is one of reproach, for they all seem to be questions masquerading as reproachful assertions.
(I’m certainly familiar with using “qu’est-ce que” to add emphasis to positive, complementary assertions [e.g., “Qu’est-ce que t’es belle/beau!//”Qu’est-ce que tu parles bien!], but these are not questions and therefore don’t fit your examples and don’t answer the final, ton différent, part of your question as I understand it.)

Regarding “Quel sens donner à//ininterprétation utile pour … cette expression?” (but only in “abusive/reproachful pseudo-questions” contexts) the following suggestion, somewhat similar to the construction at issue, would go beyond the simple notion of “pourquoi,” which is perhaps too neutral to help one (at least me, a non-native speaker) fully understand and accurately interpret the reproachful tone intended in such contexts:

Qu’est-ce qui t’a pris de … rester là …//… te mêler
…//… vous insister…//… m’apporter…//… mettre…//… le
regarder … . (some Reverso/Context examples at the link)