Here is my suggestion :

5 jeux de données auraient du être importés. Parmi ceux-ci, 3 n’ont pas pu être liés à un fichier et ont donc été ignorés.

The right translation would be :

5 ensembles de données auraient du être importés. Parmi ceux-ci, 3 n’ont pas pu être liés avec un certain fichier et ont donc été ignorés

Explanations:

1. the tense of “should have been imported”. Because “ont du être importé” means “had to be imported”, which is not the same thing.

2. “a certain file” = “un certain fichier”. Saying this looks odd, but it is the same thing in english…

3. ignored != rejected

• “datasets” → “jeux de données” (Here jeux means “sets”, “collections”, not “games”)

• “should have been imported” → “auraient dû être importés”
  ont dû être importés would mean “had to be imported”. Using the conditional mood turns the obligation into a recommendation.

• The past participle of devoir is dû; du is the (mandatory) contraction of de le.

• The past participle importés is a complement of the auxiliary être, so it agrees with the subject, which is plural.

• Regarding the tense of the second clause, there’s a possible choice between the imperfect (imparfait) and the past perfect (passé composé). They have overlapping but not always identical meanings.

  • An imparfait implies a statement that was true at any point in time, or at least for a long length of time.
    “ne pouvaient être liés à un certain fichier”
    “étaient impossibles à lier à un certain fichier”
  • A passé composé states that the fact was true at a specific point in the past, when the attempt was made. It doesn’t imply anything as to whether another attempt might have succeeded.
    “n’ont pas pu être liés à un certain fichier”
    “ont été impossibles à lier à un certain fichier”
    “se sont avéré impossibles à lier à un certain fichier” (more formal than “ont été”; an English equivalent (without the formal aspect) would be “turned out to be …”)

• In French, we wouldn’t repeat “datasets”. (Your sentence is clumsy in English as well.) Possibilities include:

  • “Parmi ceux-ci, trois n’ont pas pu …”
  • “Trois d’entre eux n’ont pas pu …”
  • “Cinq jeux de données auraient dû être importés, parmi lesquels trois n’ont pas pu …” (This is a little clumsy because “parmi lesquels” is far from its antecedent “cinq jeux de données”, but French people do write like this.)

• “impossibles à lier” — à is the preposition, a is the form of the verb avoir.

• “a certain file” → “un certain fichier”, here a direct translation is appropriate. Cas may be a better word though, but if so case would probably be a better word in English as well.

• “were ignored” → “ont été omis”
  Here the imparfait is not possible, because the processing of the datasets (presumably) happened once, it wasn’t going on continuously.

• Regarding the choice of verb to translate ignored, there’s no exact equivalent to this verb in French:

  • Omis means “omitted”, “skipped”.
  • Ignorés is a false friend and cannot be used here. Ignorer means not knowing something, or deliberately not paying attention to something; it doesn’t stretch to skipping something.
  • Rejetés isn’t a translation of ignored (it means “rejected”), but it could fit in context, if some deliberate decision was taken to omit the datasets.
  • Similarly, exclus is not an exact translation but could fit.
  • There are other possibilities that use a negation: “… et n’‍ont pas été inclus”, “… et n’‍ont pas été pris en compte”, “… et n’‍ont pas été retenus”, …

Cinq jeux de données auraient dû être importés. Trois d’entre eux n’ont pas pu être liés à un certain fichier et ont donc été omis.