Ce n’est pas que qui indique le mode(1) qui doit suivre, mais ce qui précède que.

C’est le superlatif la fille la plus jolie qui demande le subjonctif, et le manque d’une construction particulière dans l’autre phrase qui permet l’indicatif.

(1) Je connais = présent de l’indicatif, je connaisse = présent du subjonctif. Ce sont des modes plutôt que des temps.

La question qui se pose ici est le mode à utiliser, avec un choix entre l’indicatif présent (je connais) et le subjonctif présent (je connaisse)

La règle générale pour l’emploi du subjonctif est que le verbe est mis en doute (action incertaine). Lorsque la chose est sûre, on emploiera de préférence l’indicatif. Cette règle n’est toutefois pas une règle absolue et certaines constructions imposent le mode à utiliser, comme après certains verbes (aimer que, demander que, ordonner que, permettre que, faire attention que…) ou certaines locutions conjonctives (bien que, pour que, avant que, jusqu’à ce que, à moins que, non que…)

Grammaticalement, les deux phrases sont donc correctes car il faut les regarder dans leur ensemble.

Pour la première phrase, le superlatif “le plus … que” est généralement suivi du subjonctif. Rarement, on peut utiliser l’indicatif, par exemple je dirais “tu es la plus belle fille que je connais dans cette école”(entendu que je connais toutes les filles). Dans la plupart des cas, on est plus honnête en admettant que l’on ne connait pas toutes les filles du monde. Je pencherais donc plutôt pour le subjonctif (rem : le doute n’est pas sur “la plus belle” mais sur “connaître”).

Dans le second exemple, il n’y a aucun doute sur le fait de connaître la personne: il faut utiliser l’indicatif.

C'est par accident que je te connais.