Lorsqu’il s’agit d’un pronom, en a toujours la même fonction : il représente un complément introduit par de, que ce soit explicite ou implicite.

en saisir l’application

= saisir l’application de ce truc

Ceci est l’une des possibilités pour former le génitif, ta construction étant l’autre et pas moins valide. Tu peux t’en servir des deux comme tu veux.

S’il y a une différence, ce serait que « son application » a tendance à suggérer l’application que quelqu’un a faite, et « l’application de ce truc » la manière d’appliquer qui lui est propre. Mais c’est une très vague impression — je souligne que chacun des génitifs peut porter l’un ou l’autre sens.

Révision: Et voir les commentaires de jlliagre ci-dessous pour découvrir un problème avec cette expression quant à son idiomaticité.