Pour moi, c’est féminin, comme tu le dis elle sert à mesurer le temps, comme une pendule.

Le mécanisme d’horlogerie est une pendule (féminin):

Petite horloge dont le mouvement était, à l’origine, entretenu et
réglé par un pendule.

De nos jours, il y a aussi de grandes pendules.

Le pendule (masculin) est un solide suspendu:

Solide suspendu à un point fixe ou à un axe et qui oscille librement
sous l’action de la gravité après qu’on l’a mis en mouvement en
l’écartant de sa position d’équilibre.

Voir le dictionnaire de l’académie.

Jouant aux échecs régulièrement je confirme que l’on dit bien une pendule d’échec ou un chronomètre d’échec.