On est entouré par, plutôt qu’entouré avec et le soleil ne va pas dégager (libérer) les nuages mais s’en extraire, je corrigerai donc la deuxième phrase en:

Étant las de l’intense accumulation de nuages grisâtres par lesquels il était entouré, l’astre radieux décida de s’en dégager.

Pour ce qui est du choix de l’accord, comme Natashacycle-r l’a déjà indiqué dans son commentaire, les deux sujets sont possibles: l’astre est entouré par des nuages ou l’astre est entouré pas une accumulation de nuages. La première forme est plus courante.