• Il s’était agi pour conjuguer s’agir au plus-que-parfait.

• J’ai tendance à préférer le plus-que-parfait même s’il est en théorie utilisé pour des faits antérieurs à un autre fait passé, et qu’il n’y en a pas ici. J’ai cherché dans Grevisse et n’ai rien trouvé de pertinent.

Si la question est de savoir si la phrase (2) correspond à la norme telle que représentée par les grammaires, sans doute qu’elle n’est pas correcte.

Si il s’agit de savoir si elle correspond à l’usage francophone, elle est bien attestée. En pratique, s’agir se comporte comme si il avait été réanalysé comme sagir de la même façon que s’en aller se comporte quasiment comme s’enaller :

Lise a pleuré quand il s’est en allé. (=> enallé)
Marcia l’a giflée quand il a s’agit d’en parler. (=> sagi)

Si sagir n’est pas perçu comme un verbe essentiellement pronominal, son passé composé suit le modèle de finir.

Indépendamment des temps composés, le même problème se manifeste avec les temps simples et les clitiques :

Dans ce livre, il ne s’agissait de rien dire.
=> il n’y s’agissait de rien vs il ne s’y agissait de rien
Il ne s’agissait pas de celà.
=> il n’en s’agissait pas vs il ne s’en agissait pas

Pour s’en aller, le changement reste incomplet à l’impératif avec va-t’en qui subsiste sur le modèle de s’en aller plutôt que enva-toi sur le modèle de s’enaller.