Pour « les latrines », il est probable que c’est parce que, dans l’antiquité, le lieu était un espace de convivialité, avec plusieurs « postes de travail » (je n’ai pas de meilleure description), ce qui permettait de discuter, chacun utilisant sa latrine.

(trouvé sur http://www.ephesus.us)

Après, est-ce que le pluriel est resté pour les autres mots désignant le lieu pour suivre l’usage « des latrines », voici un mystère sur lequel il nous faudra méditer.

Le Bon Usage (édition 2008, 511d) dit :

Beaucoup de noms désignant les lieux d’aisances s’emploient au pluriel même quand il s’agit d’une seule installation (à cause du fait que, dans les endroits publics, il y a d’ordinaire plusieurs installations)

Il ajoute que l’on peut utiliser le singulier pour insister sur le fait qu’il n’y a qu’une seule installation. Il fait enfin une distinction entre France et Belgique pour water-closet, cabinet, toilette, lavabo, pour lesquels le singulier serait habituel en Belgique.

L’emploi du pluriel les toilettes, pour désigner par euphémisme un cabinet d’aisances, date du XXe siècle.

Je crois que c’est parce qu’à l’origine, ces “commodités”, “les lieux” étaient multiples: on proposait plusieurs “postes de travail” comme dit Sylvain Peyronnet.
C’était plus convivial, avant la pudeur individualiste et avant l’accession au luxe des salles de bain et “Water-Closets” individuels, non communautaires.