Les deux sont correctes. Tout dépend du sens que vous donnez à la phrase. Changez donc venir par être, vous pourrez dire:

Et est-ce qu’il y a d’autres mots de notre langue qui seraient aussi
d’une langue très éloignée ?

On vient de nous donner un exemple, mais on se demande si c’est bien vrai. On est au conditionnel, donc beaucoup dans la doute. “Et il y en aurait d’autres comme ça, hein ?”

Et est-ce qu’il y a d’autres mots de notre langue qui soient aussi
d’une langue très éloignée ?

Le subjonctif. On est toujours un peu dans le questionnement mais là on a accepté le 1er exemple. On se demande seulement si d’autres mots ont suivi le même chemin. “Parfait, je ne le savais pas, avez-vous d’autres exemples ?”
Et même :

Et est-ce qu’il y a d’autres mots de notre langue qui sont aussi
d’une langue très éloignée ?

Le présent de l’indicatif. Le locuteur est persuadé (voir sait) qu’il y en a d’autres mais il demande à l’autre personne de bien vouloir les donner. “Comme XXX par exemple ?” et l’autre répondra “Mais oui, tout à fait et d’ailleurs…” ou “Mais non, pas du tout et d’ailleurs…”

Bref, vous n’avez que l’embarras du choix.
Attention, je ne dis pas qu’on peut toujours échanger le subjonctif, pour le conditionnel ou l’indicatif, mais dans le cas de votre phrase, oui.