Dans la première phrase le ni est entendu comme ou : c’est soit la force soit la rage (ce n’est ni la force ni la rage) qui est concernée et elle est plus faible que la patience et le temps qui passe.

Dans la seconde, même additionnées, la force et la rage restent ‘perdantes’.

Patience et longueur de temps [ ne peuvent être vaincues ni par la | font plus que ] force ni [ par la | que ] rage.

L’emploi de ni dans une phrase affirmative est actuellement considéré comme un archaïsme, mais il est employé dans la littérature classique.

Le Larousse écrit :

Ni ne s’emploie plus dans une proposition affirmative, contrairement à l’usage de l’époque classique :

« Patience et longueur de temps / Font plus que force ni que rage » (La Fontaine).

On dirait aujourd’hui : Font plus que force et que rage (ou bien : Font plus que force ou que rage).

ou encore

L’emploi de ni sans négation ou autre ni qui le précède est archaïque :

« Je serais bien fâché que ce fût à refaire, Ni qu’elle m’envoyât assigner la première » (Racine).

Le Littré (qui rappelons-le date du XIXème siècle) concède un usage pour les phrases implicitement négatives :

Ni se dit quelquefois pour et en des phrases qui ont un sens négatif implicite.

« J’ai grande peine à croire ce que vous me dites de madame, ni qu’elle ait pris votre parti contre moi. » [Voiture, Lettres]