Je ne pense pas que les exceptions “viennent de quelque part”. Il y a des règles qui font que quand un mot est formé d’une certaine manière, il prend un certain genre. Par exemple, un mot formé à partir d’un verbe auquel on rajoute le suffixe “-age” est de genre masculin. Mais certains mots se terminent de la même manière sans avoir été formés de cette manière, et il ne suivent pas la règle. S’ils sont du même genre c’est une coïncidence, s’ils n’en sont pas c’est comme ça. Par exemple le mot “plage” vient du latin “plaga” qui était féminin. Comment expliquer pourquoi il ne suit pas la règle ? Il n’y a pas de raison ; c’est comme ça. Il n’y a pas de règle générale qui explique pourquoi : chaque exception est une… exception.

Pour résumer : il y a des règles du type “si un mot est formé de telle manière, alors il prendra telle terminaison et sera de tel genre”. L’erreur est de croire que tous les mots qui ont cette terminaison auront été formé en suivant la règle et donc prendront le même genre.

(Et à mon avis vouloir apprendre le genre des mots avec des règles est une erreur. Elles peuvent donner des tendances, mais si c’est pour se tromper une fois sur trois au lieu d’une fois sur deux, ça ne sert pas à grand chose…)

Dans le cas des mots en -ée, ils sont normalement féminins certes mais des mots comme lycée, musée, apogée, Élysée, mausolée, etc. sont masculins car ils viennent du grec via ou non le latin, leur terminaison y était respectivement « os » ou « on », et « us » ou « um » francisée en e muet. Ainsi Λύκειον est latinisé en Lyceum, le « um » s’amuït en e muet mais néanmoins écrit, et l’on a Lycée, du neutre en grec et en latin, du masculin en français (très peu de neutres en français et à ma connaissance pas de noms). Morpheus donne de la même manière Morphée, dieu du sommeil et non déesse ! S’il n’y avait que des règles comme celle-là, ou la célébrissime « bijou caillou chou genou hibou joujou pou », ce serait simple …

En tout cas, le conseil fervent que je donne à ceux qui apprennent le français en langue étrangère (FLE), surtout les anglophones dont la grammaire est euh rudimentaire en comparaison, est de mémoriser par cœur le genre des noms, les règles ne sont que des aides imparfaites. Personnellement j’ai encore un mal de chien avec les substantifs en allemand parce que je n’ai pas ou trop peu fait ce type d’effort dans mes premières années !