À mon sens, les deux peuvent s’employer selon ce sur quoi on souhaite mettre l’accent.
Dans ce contexte :

• y est utilisé comme adverbe de lieu.

Changeras-tu des mots dans cette dictée ? Non, je n’y changerai pas un mot.

• en est utilisé comme adverbe de quantité.

Changeras-tu des mots dans cette dictée ? Non, je n’en changerai pas un mot.

Pour répondre à la question, je dirais donc que, si différence il y a, elle est très subtile. Je pense qu’il existe également une notion de choix artistique.

On dit changer quelque chose à quelque chose pour signifier modifier, comme dans « je n’ai rien changé à la recette. » Un mot est à comprendre de manière abstraite comme synonyme de rien. On a donc « Elle me répéta ses propositions sans y changer un mot. » qui veut dire, en fait, « Elle me répéta ses propositions sans rien y changer. »