Oui, « l’araignée est sur le plafond » se dit couramment. Ici « sur » veut dire « à la surface de », indépendamment du haut et du bas, comme on dit « sur le mur ». On peut aussi dire « l’araignée est au plafond » mais c’est peut-être plus rare à cause de l’expression « avoir une araignée au plafond » qui signifie être un peu timbré.

« L’araignée est dans le plafond » pourrait éventuellement se dire d’une araignée qui s’est cachée dans un faux-plafond. On ne le dira pas si elle est visible.

Fréquence de sur le plafond, au plafond, sous le plafond, dans le plafond

Il y a un sens matériel avec au (à la surface) et dans (à l’intérieur) et conceptuel (dans les statistiques par exemple) autrement.

Familièrement « il a une araignée au plafond » ou « il a une araignée dans le plafond » signifie qu’il n’a pas les idées très claires, qu’il n’est pas fou à lier, mais qu’il lui marque quelque chose pour comprendre le monde : « il est cinglé ! » son monde cérébral est dé-rangé, perturbé, incohérent.