La même différence qu’entre être et exister.

Benveniste a longuement analysé ce “y a” qu’il rapproche du verbe être tel qu’analysé par Aristote.
Il y a = Il est

On peut aussi d’ailleurs entendre utilisé “il est des xyzt” dans très exactement le même sens que “il y a des xyzt”

Tu noteras au passage que le il utilisé ici est le pronom impersonnel. (=> jamais de passage à la 3e personne du pluriel)

On observera au demeurant qu’impersonnel, ce sujet ne sert pas à grand chose puisque il a tendance à ne même plus se dire, même chez les “bons” auteurs :

Y a bien des gens qui sont débarqués de cette façon-là (Céline)

En résumé donc : y a = il y a = il est.
Il existe dit sensiblement la même chose avec la nuance que tu mets entre être et exister.