« Il n’est pas » et » ce n’est pas » ne sont pas toujours interchangeables. On ne peut employer « il » que si l’objet que le pronom représente quelque chose qui est nommé.

Exemples :

• Ce n’est pas encore cinq heures. Il n’est pas encore cinq heures.
• Ce n’est pas vrai. Il n’est pas vrai.
• Ce n’est pas vrai de dire que la terre se réchauffe. Il n’est pas vrai de dire que la terre se réchauffe.
• Ce n’est pas possible. Il n’est pas possible.
• Ce n’est pas possible de croire ça. Il n’est pas possible de croire ça.

« Il ne s’agit pas de » peut parfois être employé dans le sens de « ce n’est pas » pour désigner quelque chose (il ne s’agit pas + GN).

• Il ne s’agit pas du bon document. Ce n’est pas le bon document.
• Il ne s’agit d’une question d’argent. Ce n’est pas une question d’argent.

Par contre quand « il ne s’agit pas » ne désigne pas quelque chose mais quand ça veut dire « il n’est pas question de » (il ne s’agit pas + GV) on ne peut pas le remplacer par « ce n’est pas ».

• Il ne s’agit pas de refaire le monde.
• Il ne s’agit pas de discuter pendant des heures.

You can’t use Il n’est pas and ce n’est pas indifferently.
“Il” can only be used when it represents something that is identified in the sentence.

• Ce n’est pas encore cinq heures. Il n’est pas encore cinq heures. It isn’t five yet.

Il ne s’agit pas  can be replaced by ce n’est pas when it is followed by a noun group.

• Il ne s’agit pas du bon document. Ce n’est pas le bon document. It isn’t the right document.

When Il ne s’agit pas de is followed by a verb group we cannot use ce n’est pas instead.

• Il ne s’agit pas de refaire le monde. It’s not about
  reconstructing the world.
• Il ne s’agit pas de discuter pendant des heures. There’s no way we’re going to discuss this for hours.