Bonjour, j’ai essayé **de m’**inscrire sur le site ….

the verb is : s’inscrire in this case.

mais malheureusement ma candidature n’a pas été acceptée parce que le document n’est pas conforme.

n’a pas été acceptée, because it is the passive form, constructed with avoir auxiliary

J’ai pris un rendez-vous avec leur service pour déposer la version papier du document et ainsi valider mon inscription.

“Pour cela” seem weird here (can’t really explain why :'( )