Wikipédia nous dit que…. ça dépend ! (une page complète dédiée à l’utilisation du trait d’union avec les préfixes)

Mais en résumé, c’est le préfixe qui détermine s’il faut un trait d’union ou pas (avec les exceptions à la règle habituelles…).

Les préfixes suivants réclament toujours un trait d’union :

• après-
• mi-
• non- (sauf dans nonchalance, nonobstant, nonpareil, et dans le cas où non est suivi d’un adjectif : non linéaire)
• quasi-
• sous-

Il ne faut pas de trait d’union après les préfixes suivants :

• anti (sauf lorsque le deuxième élément commence par i, dans des mots composés comportant d’autres traits d’union et dans les noms géographiques),
• archi
• auto (sauf lorsque le deuxième élément commence par une voyelle et dans auto-stop et auto-stoppeur)
• bi
• bio
• brachy
• co (donc pas de co-opération, mais plutôt une coopération)
• ferro (sauf lorsque le deuxième élément commence par une voyelle)
• inter
• intra (sauf lorsque le deuxième élément commence par une voyelle)
• macro
• méta
• micro (sauf lorsque le deuxième élément commence par une voyelle)
• mono
• multi
• pré
• tri

Depuis les rectifications de 1990, l’Académie préconise sans ambigüité la soudure de nombres de préfixes. On note notamment les deux règles suivantes :

— A2 : dans tous les composés de extra-, infra-, intra-, ultra- (ex. : extrafort sur le modèle de extraordinaire), comme les composés de en, sur, supra, déjà soudés. N.B. Le trait d’union est maintenu dans les mots où la soudure engendrerait une prononciation défectueuse (ex. : extra-utérin).

— A3 : dans les composés d’éléments savants, en particulier en -o (ex. : autoécole sur le modèle de radioactif). N.B. Le trait d’union est maintenu dans les noms propres et termes géographiques où il sert à marquer une relation de coordination entre les deux termes (ex. : gréco-romain).

Les différents dictionnaires sont invités à introduire cette variante et à la retenir pour les nouveaux mots. Vous ne risquez donc pas grand-chose à souder systématiquement et à recourir à un dictionnaire en cas de doute. De toute façon, les deux graphies restent officiellement admises.