The meanings are indeed quite different but As though we were in New York is the translation of Comme si on était à New York and not Comme on était à New York. There is no ambiguity in French.

Comme has several meanings in French, but not the second one of your question which would require si, as already stated by petitrien.

In the expression “Comme on était à New York“, it can mean:

De la même façon qu’on était à New York,… (“like, the same way”: but it doesn’t work in this sentence)

or

Puisqu‘on était à New York,… (“since, because”: likely meaning here)

or

Alors qu’on était à New York,… (“while”: rarer literary meaning)

The TLFi states that it is sometimes difficult to guess whether the second or the third meaning was intended:

Rem. 3. Il est quelquefois difficile de faire le départ entre comme causal et comme temporel, comme glissant vers la valeur de morph. de la circonstance gén. (cf. supra III). Au bout d’un moment, comme il se taisait mais qu’il avait l’air bien calme, je lui dis… (G. Duhamel, Tel qu’en lui-même, 1932, p. 158 ds Sandf. t. 2 1965, § 196).